'Mostrar mensajes no leídos desde la última visita' hace exactamente eso.
Si cierras la sesión, al volverla a abrir se cuenta como una nueva visita.
Aunque no cierres sesión expresamente, si no hay ninguna actividad en un tiempo la sesión caduca.
De todos modos, los mensajes no leídos deberían aparecerte en el enlace 'Todos los temas no leídos', que sale al final de la lista (o en lugar de ella si no hay ninguno sin leer desde la última visita). A mi siempre me ha funcionado bien, de todos modos me suena que Tomás tuviera algún problema similar. no se si puede tratarse de algo de como tengas configuradas las cookies...