Perdón, que en lo de las particiones separadas me pierdo. ¿A qué te refieres, a instalar dos discos duros uno con cada partición o dividir el disco en dos particiones, una para el sistema y la otra para /home?
Me refiero a tener al menos dos particiones, el sistema en una y /home, con los datos en otra. El que estén en el mismo disco o en discos aparte es indifirente. Por cierto la mayoría de distribuciones se instalan así, si eliges el particionamiento automático o recomendado durante la instalación. Para un linux de escritorio es lo más aconsejable. Porque supón que mañana quieres cambiar de distribución, reinstalas y dejas el /home intacto, sin formatear, conservando todos los datos y las configuraciones personales de los programas.