Casi todos por aquí tenemos el disco duro particionado en tres: /,home y swap.
A mi me basta con copiar el home con sus carpetas ocultas en un disco duro externo.
Tengo dos ordenadores sincronizados por medio de dropbox (tengo casi 80gb de espacio), con ese espacio me basta para sincronizar todos los documentos personales, y las fotos de los últimos dos años. El resto de cosas (música, videos, etc..) Se compian en el disco duro externo de forma manual, de vez en cuando (tampoco cambian demasiado)
De esa manera siempre tengo el contenido en tres sitios (sin contar Dropbox)
Cuando me cargo el sistema por lo que sea, o me cambio/actualizo distro, reinstalo encima de "/", sin borrar el "home", de esa manera se me mantienen casi todas las configuraciones de los programas, y tan solo tengo que instalar los programas.
Un saludo