Si aún te pierdes en los entresijos de la jerigonza al uso, ten a mano nuestro "para-vocabulario fotolibrero", ni limpia, ni pule, pero hace unas cosquillitas...
Conste que no es por "chinchar", pero... ¿no estamos hablando de algo que se soluciona ajustando la foto al borde del escáner? ¿O es que las has puesto de cualquier manera y ahora intentas arreglarlo? Por lo general los escáners tienen un borde que permite el ajuste a la esquina...
Entonces mi consejo es que hagas las fotos de 1 en una, no solo por el tema de recorte, si no por el tema de escaneo personalizado. Si durante el escaneo recuperas la máxima información posible, corriges tonos y similares, la imagen guardada será de mayor calidad.