Colegota prueba con este:
mencoder -vf scale -zoom -xy 720 -ovc xvid -xvidencopts bitrate=800:me_quality=5 -oac mp3lame *.flv -o ficherodesalida.avi
Con esta línea se vuelve a recodificar el audio. Si quieres que siga en HD quitale el -vf scale -zoom -xy 720 eso se lo puse para que mi DVD lo entendiese, ya que no es capaz de manejer el HD.
Saludos.