Bueno, pues al final lo he conseguido arreglar.
Resulta que mientras con los raw no daba problemas si lo hacia con los jpg, algo así como que no podía leer los datos exif de las imágenes, esto es un problema por que en muchas ocasiones (casi todas) saco diferentes exposiciones de un solo raw para hacer el HDR.
Después de rebuscar lo que hice fue abrir los archivos intermedios que generaba el script y pude leer en uno que hacia falta una archivo/dependencia no se como llamarlo.
Es este
http://www.sentex.net/~mwandel/jhead/ lo descargue , y lo compile, y ya funciona a la perfección, ahora es cuestión de ponerse manos a la obra con un montón de fotos que tenia en el cajón para hacer hdr y que por lo laborioso del tema estaban aparcadas, este sistema hará que me sea mucho mas fácil y rápido.
Os recomiendo que lo probéis.
Una de las cosas que me he dado cuenta en las pruebas es que genera mucho menos ruido que como yo lo hacia antes y que también jugando con las capas se consiguen hdr mucho menos pictóricos.de esos que tanto le gustan a Invi
Muchas gracias a los que os habéis preocupado en ayudarme, menos mal que estáis hay y además sabiendo que algunos estáis preparando viaje.
Pd; sertinell eres un crack