Ha sido error mio por que me lié con el primer script.
No tengo ningún archivo oculto, lo mire al decirme lo de " Error: Directory contains multiple filetypes"
Viendo que algo fallaba he instalado pfstools y he vuelto a probar, aun así me da errores y se queda atascado al final, o tarda mucho o no avanza, esta es la salida
charly@charly-pc:~$ createHDR.sh -a -d /home/charly/HDR
/usr/local/bin/createHDR.sh: opción ilegal -- d
Files are NEF
Parsing EXIF information
/usr/local/bin/createHDR.sh: línea 102: dcraw2hdrgen: orden no encontrada
Devloping RAW files
/usr/local/bin/createHDR.sh: línea 117: [: =: se esperaba un operador unario
Aligning images
Generating Enfused image
Generating HDR
/usr/local/bin/createHDR.sh: línea 148: pfshdrcalibrate: orden no encontrada
/usr/local/bin/createHDR.sh: línea 148: pfsinhdrgen: orden no encontrada
Tone-mapping with mantiuk06 operator
pfsinrgbe error: Can not open file '/home/charly/HDR/pfs.hdr'
Tone-mapping with fattal02 operator
pfsinrgbe error: Can not open file '/home/charly/HDR/pfs.hdr'
Creating image stack
En "Creating image stack" se queda, miro el directorio y crea diferentes tiff para cada Nef y un archivo pfs.hdrgen pero de hay no pasa