Pintoresca, sinceramente creo que das demasiadas vueltas...
Si no contemplas el trabajar en JPG (configurando la cámara, claro está) creo que visor+revelador+editor es mas que suficiente
yo es lo que hago y es bastante rápido
1 - Gthumb: Selecciono las fotos que voy a procesar
2 - Ufraw: ajustes de balance de blancos, etc
3 - GIMP: enfoque y retoque final
Todo ello puede llevar menos de 5 min por foto y menos aun si como ocurre normalmente, las fotos de una misma sesión llevan parámetros similares
Respecto a la FTP no se que programa usas, yo te recomiendo Filezilla, en el que puedes arrastrar y soltar los ficheros en la carpeta del servidor que quieras
Creo que el paso por Cinepaint es un poco pérdida de tiempo pues lo de los 16 bits para estos casos (generar JPG final) no lo veo en absoluto
chau!