¿Cuál es el path?
El path es una variable de entorno que indica separadas por ':' las carpetas en las que se buscarán los ficheros ejecutables si no se indica en que carpeta están al ejecutarlos.
echo $PATH
¿Cual es la carpeta bin?
Yo en mi carpeta no encuentro ninguna con ese nombre.
Depende de las distribuciones en algunas /home/USUARIO/bin (o lo que es lo mismo ~/bin) se crea por defecto y se añade al path. Si no es tu caso puedes crearla (desde el nautilus o el navegador de ficheros que uses) y editar el fichero .bashrc para añadirle al final una línea que ponga
PATH="$PATH:~/bin"
Para editar el fichero puedes buscarlo en tu carpeta home, teniendo en cuenta que tienes que visualizar los ficheros ocultos para verlo, y editarlo o puedes poner en un terminal:
gedit ~/.bashrc
(El símbolo ~ lo consigues en un teclado español con la tecla [Alt Gr]+[Ñ] o [Alt Gr]+la que tiene el Interrogante de abrir y la admiración de abrir.)
Otra posibilidad si no quieres crear la carpeta bin ni tocar los paths es que pongas el path completo en la línea exec del fichero .desktop.
Supongamos que guardaste el script clasifica en /home/kallh pues modificas la línea exec del .desktop para que en vez de poner:
Exec=clasifica %F
ponga:
Exec=/home/kallh/clasifica %F
¿Cómo se cambian los permisos?
Desde el nautilus le das con el botón derecho al archivo, propiedades, permisos y marcas 'Permitir ejecutar...'
Desde comando:
chmod +x nombre_del_archivo