Buenas,
los componentes básicos yo creo que funcionan todos con matizaciones en las tarjetas gráficas. Éstas, para un día a día, o tienen sus drivers propietarios o uno libre equivalente. Pero los problemas vienen cuando quieres poner dos monitores, ver la tele u otras funciones. Para eso, casi mejor consultar en Internet primero. ATI, hace ya algún tiempo que abandonó el soporte de Linux para muchas tarjetas que apenas tienen dos o tres años de antigüedad (como mi portátil) y los drivers libres funcionan (con alguna cosilla sin importancia) pero sin tv. Creo que Intel es quien mejor pone las cosas para nosotros y también Nvidia. Pero eso que te lo confirme la gente que los tenga. Yo tengo uno con Nvidia por ahí, pero uso la gráfica con resolución "normal" y sin pedirle nada.
Hasta el portátil, todos me los hacía por partes comprando o chatarra reaprovechada. Las placas base, discos, memoria... nunca han dado problemas. Los grabadores CD/DVD solía comprarlos LG que fueron los primeros que aseguraban que iban bien, pero ese tipo de hw yo creo que ahora va cualquiera. Impresoras, escáneres o tabletas podrían darte algún problema, por lo que convendría consultar. El resto creo que no.
Si no lo montas tú, en PCBOX lo puedes comprar sin sistema (te lo montan ellos añadiendo un coste a las piezas) o te lo venden con Linux (creo que Ubuntu). Y en el Carrefour Online (al parecer no en las tiendas) te lo venden con Ubuntu también.
Saludos,
Colegota