Ya lo estuve leyendo antes... A mí, personalmente, no me preocupa; aunque reconozco que es "un feo" a una de las aplicaciones "libres" por excelencia, pero no creo que afecte al desarrollo del Gimp.
Yo también soy de la opinión de que la mayoría de los usuarios de ubuntu (o cualquier otra distro) lo necesiten, al menos de partida, considerando que la mayoría de las distros deberían ir enfocadas para un usuario estándar, que necesite las aplicaciones ofimáticas y de navegación básicas. A partir de ahí, todo debería pasar por instalar paquetes más específicos.
Y otra cosa, casi todas las instalaciones de debian te vienen sin él (exceptuando la desktop, pero esa es un rollo de dependencias que lo flipas...).
Eso sí, otra opción (para seguir apoyando a ciertas aplicaciones) sería mantener el lanzador de las mismas, aunque no estuviesen instaladas, y el primer acceso a ellas iniciara el proceso de instalación.