En tu /home/usuario/ sueles tener una carpeta .gimp-2.x/ por cada versión que hayas tenido instalada. Por ejemplo, como yo cuando subo de versión de linux siempre mantengo el /home anterior en la instalación, voy arrastrando de todas las versiones.
Además, la .gimp-2.0/ creo que la pone también en instalaciones nuevas con los plugins "antiguos" que aún se mantienen.
Lo normal es que los de Fx-Foundry los pusieras en la 2.4 que es (o era, no se si siguen haciendo nuevos) de cuando surgieron. Ya que el proyecto era salvar scripts antiguos que habían dejado de funcionar cuando se hizo el traumático (para los scripts) cambio a 2.4.
Y rollos aparte, tanto en la /home/usuario/.gimp-2.4, como en la xxx-2.6, o cualquier otra -2.x te debería dejar copiar los scripts a la carpeta ....gimp-2.x/scripts/ que quieras. Si no, es un problema de permisos que no deberías tener dentro de tu /home salvo que hubieras hecho alguna instalación extraña. Si es así mira qué permisos tiene esa carpeta scripts/ y cámbiaselos porque estarían mal.