Yo uso
rsnapshot.
Es un script que lanza a rsync. Mantiene varias versiones de tus copias de seguridad sin incrementar el espacio de disco de respaldo descomunalmente. Además, esas versiones se pueden jerarquizar. Por ejemplo, lo más típico es mantener una jerarquía del tipo "mensual", "semanal", "diario"; configuras que "mensual" tiene hasta 12 versiones, "semanal" hasta 4 y "diario" hasta 7.
Si jerarquía más interna es "diario", entonces la orden:
sudo rsnapshot diario
borra la última versión (diario.6), mueve todas las versiones en una unidad (diario.5 -> diario.6, etc) y crea una nueva copia fresca de los directorios especificados para copia de seguridad en diario.0. La versión 0 de la jerarquía más interna contiene un copia tal cual; las siguientes versiones contienen "enlaces duros" a ficheros de la versión 0 (eventualmente, también algún fichero completo que ya no esté); ese es el truco para no incrementar el espacio manteniendo muchas versiones.
Si invocas una jerarquía externa, por ejemplo:
sudo rsnapshot semanal
entonces se borra la versión más antigua (semanal.3), se desplazan todas las versiones una unidad (semanal.2 -> semanal.3, etc) y se mueve la última versión de la jerarquía anterior: diario.6 -> semanal.0. Y así con el resto de jerarquías. Todos los directorios de las jerarquías más externas contienen enlaces duros.
Lo suyo es meter estas órdenes en (ana)cron; por ejemplo, todos los días a las 4:00 AM se invoca "sudo rsnapshot diario". Todos los domingos a las 3:00 AM se invoca "sudo rsnapshot semanal" (para el caso en que coincidan, conviene que la orden más externa se realice antes que la interna). Y todos los días 1 de mes a las 2:00 AM se invoca "sudo rsnapshot mensual".
Este es más o menos el esquema que sigo en el curro. En mi casa tengo sólo una jerarquía "secuencial" de 10 versiones que invoco a mano más o menos cuando me acuerdo
Todo esto se configura en /etc/rsnapshot.conf donde especificas las jerarquías, los directorios de respaldo, la unidad de destino, etc. Está muy bien documentado con abundantes comentarios y ejemplos.