Lo normal es que las cosas que instalas con el gestor de paquetes vayan a /usr/bin/. No se si todas o algunas de las compiladas van a /usr/local/bin (¿Redy?).
Exacto:
Cada cosa en su sitio. Lo que viene con el sistema se instala con el prefijo /usr; lo que compilamos a mano, por defecto se instala con el prefijo /usr/local
Así que los ejecutables de usuario de lo que compilamos estarán en /usr/local/bin, si son de sistema en /usr/local/sbin, las bibliotecas en /usr/local/lib los archivos de datos en /usr/local/share los ficheros de manual a /usr/local/man etc... solo se suelen salvar los de configuración que van a /etc aunque he visto casos en que van a /usr/local/etc
Evidentemente todo esto se puede cambiar si cuando hacemos el ./configure le pasamos parámetros, los usuales suelen ser
--prefix
--bindir
--sbindir
--libdir
--datadir
--sysconfdir
--mandir
(ver ./configure --help para cada programa que compilemos), pero por defecto prefix siempre suele ser /usr/local , y todos los demás por defecto suelen ser referidos a prefix, bindir será ${prefix}/bin libdir seará ${prefix}/lib etc... etc...
Así que lo normal es que podamos tener compilada una versión de un programa distinta a la que viene con el sistema y ambas pueden coexistir sin colisiones porque una estará con el prefijo /usr y la otra con /usr/local
También podemos desinstalar la del sistema y compilar con el --prefix=/usr pero ojo porque si algún día reinstalamos el paquete de los repositorios nos machacará la compilada.
Si mantenemos dos versiones (la original y la compilada) y los ejecutables y las bibliotecas tienen el mismo nombre aparte de llamarlos con el path completo (ya que si no cargará siempre primero el de /usr/bin y no el de /usr/local/bin porque está antes en el path); probablemente haya que hacer algún truquillo para cargar la compilada y que busque las bibliotecas en /usr/ocal/lib y no en /usr/local
Y no me lío más porque creo que a estas alturas ya tengo a más de uno...
