Me ha pasado con varias: Ubuntu 16.04, Linux Mint 18.3, Kde neon, Antergos...
He monitorizado con la apliciación "monitor del sistema" que viene en las distintas distribuciones, en la pestaña recursos es donde veía la cpu al 100% y en la pestaña procesos donde no veia ningún proceso chupando memoria, no se si hay alguna diferencia con "top" o "htop".
hoy no me ha pasado, no se si es que se ha solucionado o si es que no le tengo conectado un segundo monitor por hdmi, no se si tiene algo que ver lo del monitor, pero es lo único que he cambiado.
Ya os iré contando
Puedes indicarme que distribución usas.
Supongo que habras monitorizado el uso con top o su versión mas acabada htop. Me estraña que no veas ningún proceso llenando lasCPU.
Hay alguna aplicación de consola que nos indica los procesos que mas espacio consumen: ps por ejemplo.
Saludos y suerte.
Jose